Sejak 4 Maret 2022, kegiatan pembelajaran siswa SMP Nasional KPS Balikpapan menggunakan jadwal baru.
Kegiatan dimulai pukul 08.00-11.20 WITA.
Adapun rangkaian kegiatan adalah:
08.00-09.45 Pembelajaran Guru Mata Pelajaran
09.45-10.00 Istirahat
10.00-11.20 Kegiatan Keagamaan
Bagi siswa muslim, dibuat kelompok tadarus dan diberi target khatam Al-Quran. Sementara siswa non muslim, melakukan ibadah bersama guru agama, di ruangan masing-masing. Dalam kegiatan inilah tercipta toleransi yang nyata antar umat beragama di sekolah kita.